1．兩者最根本的區(qū)別在于清算是對(duì)應(yīng)收應(yīng)付證券及價(jià)款的軋抵計(jì)算，其結(jié)果是確定應(yīng)收應(yīng)付凈額，而并不發(fā)生財(cái)產(chǎn)實(shí)際轉(zhuǎn)移；交割是對(duì)應(yīng)收應(yīng)付凈額（包括證券與價(jià)款）的交收，發(fā)生財(cái)產(chǎn)實(shí)際轉(zhuǎn)移（雖然有時(shí)不是實(shí)物形式）。 
2．從處理單位來(lái)看，清算一般以同一清算期內(nèi)證券經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)的每一個(gè)交易席位作為一個(gè)清算單位，即每個(gè)營(yíng)業(yè)日對(duì)證券經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)的每一個(gè)交易席位作一次清算；如果該證券經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)擁有多個(gè)席位，則由證券經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)再將相應(yīng)席位清算數(shù)據(jù)匯總后同結(jié)算公司集中辦理交割事宜。 
一般交割方式
交割的具體方式大致可以分為以下幾種：
（一）當(dāng)日交割，證券買(mǎi)賣(mài)雙方在證券交易達(dá)成之后，于成交當(dāng)日即進(jìn)行證券和價(jià)款的收付，完成交割。 
（二）次日交割，證券買(mǎi)賣(mài)雙方在交易達(dá)成之后，于下一營(yíng)業(yè)日進(jìn)行證券和價(jià)款的收付，完成交割。
（三）例行日交割，證券買(mǎi)賣(mài)雙方在交易達(dá)成之后，按所在交易所的規(guī)定，在成交日后的某個(gè)營(yíng)業(yè)日內(nèi)進(jìn)行交割。
（四）特約日交割，證券買(mǎi)賣(mài)雙方在交易達(dá)成之后，由雙方根據(jù)具體情況商定，在從成交日算起15天以?xún)?nèi)的某一特定契約日進(jìn)行交割。 
（五）發(fā)行日交割，這種交割方式適用于新股發(fā)行。